Chiếc cầu này được các thương nhân người Nhật xây dựng vào đầu thế kỷ 17. Do ảnh hưởng của thiên tai địch họa, Chùa Cầu đã qua nhiều lần trùng tu và mất đi các yếu tố kiến trúc Nhật Bản, thay vào đó là kiến trúc mang đậm phong cách Việt – Trung.
Tương truyền, vào năm 1719, chúa Nguyễn Phúc Lai đã đến thăm chùa và ban tặng cho chùa ba chữ “Lai Vãn Kiều”, có nghĩa là “Bạn từ phương xa đến”, như một sự trầm trồ, ngợi khen, đồng thời thể hiện tấm lòng yêu mến khung cảnh nơi đây.
Vào khoảng thế kỉ 17, lúc này công trình chỉ được xem là phương tiện di chuyển qua lại cho người dân. Năm 1653, người ta dựng thêm phần chùa, nối liền vào lan can phía Bắc, nhô ra giữa cầu, từ đó người địa phương gọi là Chùa Cầu.
Chùa Cầu Hội An được gọi là chùa nhưng không thờ Phật mà thờ Bắc Đế Trấn Võ – một vị thần bảo hộ xứ sở, đem niềm vui, hạnh phúc đến cho con người trên mảnh đất này.
Tương truyền, lai lịch của Chùa Cầu gắn với truyền thuyết quái vật Namazu (còn gọi là con Cù) - một thủy quái trong truyền thuyết Nhật Bản. Con quái thú này có đầu nằm ở Ấn Độ, thân ở Việt Nam, còn đuôi thì chạy tuốt sang Nhật. Vậy nên mỗi lần nó cựa mình, thảm họa như lũ lụt, động đất... sẽ xảy ra. Do đó, ngôi chùa được xây với ý nghĩa giống một thanh kiếm chắn ngang lưng Namazu, ngăn không cho nó cựa mình, giúp cuộc sống người dân của... cả 3 quốc gia bình yên hơn.
Chùa Cầu chính là một công trình độc đáo ở nước ta, có giá trị lịch sử lâu đời, đây còn là biểu tượng của thành phố Hội An thuộc tỉnh Quảng Nam nên được chọn in trên tờ tiền 20.000 đồng Việt Nam.
Đến nay, ngôi chùa dường như đã trở thành tài sản vô giá, chính thức được chọn là biểu tượng của Hội An.
Bình luận